FK”ZETA” je osnovan 1927. godine pod imenom FK ”Danica” koje je nosio sve do 1945. godine.

Od 1945. godine klub se zove FK ”Napredak” i to ime nosi do 1955. godine kada dobija ime koje nosi i danas FK”ZETA”.

Od završetka Drugog svetskog rata, a nakon formiranja podsaveza klub se do 1962. godine takmiči u titogradskom podsavezu. Te godine ulazi u Republičku ligu Crne Gore u kojoj se neprekidno takmiči do 1996. godine. U tom periodu klub je čak 9 puta bio vicešampion lige, i što nedostatkom sportske sreće, što uticajem nekih stvari koje nemaju veze sa sportom, nije ostvaren plasman u viši rang takmičenja.

U periodu od 1964-1996. godine na čelu kluba nalazili su se sledeći predsednici: Nikola Cavnić, Đoko Aligrudić, Ljubo Majić, Vuko Popović-Marić, Petar Aligrudić, Božo Vujačić, Veselin Pešukić, Stanko Đuretić, Rajko Radičević, Vojislav Šišević, Arso Popović, Vojo Polović, Nikola Vukadinović, Bato Vučinić, Zarija Kračković, Bajo Radičević, Luka Domazetović, Mišo Noković.

Aktuelni predsednik kluba Radojica-Rajo Božović na čelo kluba dolazi 1996. godine i pod njegovim vođstvom su ostvareni najveći uspesi u istoriji kluba.

FK”ZETA” se 1996. godine po prvi put plasirala u II saveznu ligu u kojoj se takmičila do 2000. godine kada je ostvaren plasman u elitni rang, u I saveznu ligu. U četiri godine takmičenja u II ligi klub je dva puta bio četvrti, jednom peti, a u sezoni 1995/1996. ubedljivo osvojio prvo mesto. U međuvremenu su osvojena i dva Kupa Crne Gore i ostvaren plasman u četvrt-finale Kupa Savezne republike Jugoslavije.

U Prvoj saveznoj ligi FK”ZETA” se neprekidno takmiči sa uspehom od 1996. godine. U sezoni 2004/2005 FK”ZETA” osvaja treće mjesto iza Partizana i Crvene Zvezde a sa 9 bodova prednosti u odnosu na četvrtoplasirani Beograd i kao prvi klub u istoriji fudbala u Crnoj Gori ostvaruje plasman u Kup UEFA. U prvom kolu Kupa UEFA nakon dva meča ispali smo od FK "Široki brijeg" iz BiH.

FK”ZETA” u sezoni 2005/2006, osvaja peto mjesto u Prvoj ligi Srbije i Crne Gore i plasira se u Intertoto kup u kojem je ispala u prvom kolu od FK "Maribor" iz Slovenije. Naredna sezona će ostaviti najveći utisak na fudbalski klub i uopšte na Crnu Goru, osvajanjem prve titule šampiona u nezavisnoj Crnoj Gori i tako ući u istoriju kao prvi šampion Crne Gore. U Prvom krugu kvalifikacija za Ligu šampiona Zeta je 17.07.2007 ugostila Litvanski Kaunas i savladala ga rezultatom 3:1. U drugoj utakmici Zeta je nakom 3:0 uspjela da postigne dva gola i plasira se u drugi krug kvalifikacija za Ligu šampiona. U prvoj utakmici protiv FC "Rangers" Zeta je u odličnoj partiji izgubila sa 2 ugurana gola, a u revanšu Škoti su iskusno sačuvali prednost i iskoristili pad koncetracije kod domaćina i slavili rezultatom 0:1. Sezoni 2007/2008 Zeta je završila na drugom mjestu sa jednakim brojem bodova kao i prvoplasirana Budućnost, sa čime se plasirala u kvalifikacije za kup UEFA i u prvom kolu ispala od Slovenskog FC "Interblock". Zeta je kao domaćin remizirala pod Goricom 1 : 1, a u Celju nakon odlične igre izgubila 1 : 0.

Iz kluba je poteklo puno igrača koji su nastupali u različitim reprezentativnim selekcijama. Iz starije generacije pomenućemo Jagoša Boljevića, Vlada Usančevića, Mićka Kovačevića, Bigu Maraša, od nešto mlađe Spasa i Dragoljuba Đuretića, Mladena Vukićevića, Stoja Božovića, Iliju Ivanovića. To su najistaknutiji predstavnici tih generacija koji su više nego uspješno branile boje Zete u takmičenjima na prostoru Crne Gore. U klubu je u tom periodu ponikao i Zoran Batrović, prvi “A” reprezentativac iz Zete, kasnije izvanredan igrač u Prištini, Partizanu, La Korunji.

Iz novijeg perioda (1996. godine) iz kluba je ponikao veliki broj igrača pa navodimo najistaknutije:

- Braća Bojan i Nenad Brnović (igrali za “mladu” i “A” reprezentaciju Jugoslavije, a mlađi Nenad je i bio aktuelni “A” reprezentativac Srbije i Crne Gore).

- Miloš Marić (bivši član “Olimpijakosa” iz Atine, igrao je za “mladu” reprezentaciju i “A”selekciju Srbije i Crne Gore).

- Mitar Peković, Branimir Petrović, Milanko Rašković, Darko Vukašinović (igrali za mladu reprezentacija Srbije i Crne Gore),

- Darko Marković (danas član Uzbekistanskog prvaka, bivsi član reprezentacija Srbije i Crne Gore).

- Vladimir Boljević, Vladan i Zarija Peličić (bivši članovi reprezentacija Srbije i Crne Gore i Crne Gore, danas prvotimci FK Zeta).

Uz kvalitetnu seniorsku ekipu u klubu radi i izvanredno organizovana omladinska škola koja okuplja u različitim selekcijama oko 150 igrača.